Die steife Fahrgastzelle mit definierten Verformungsbereichen und die Verwendung von höherfesten Stählen bilden die solide Sicherheits-Grundlage des Agila. Bei höheren Aufprallgeschwindigkeiten verteilen vordefinierte Lastpfade die eingeleitete Kollisionsenergie. Unterbodenverstärkungen an den Rückbank-Verankerungen sorgen zudem dafür, dass der Passagierraum wirkungsvoll vor eindringendem Ladegut geschützt wird. Gut vorgesorgt ist ebenfalls bei einer seitlichen Kollision: Ein solider Strukturverband bietet mit Rammschutzträgern in den Türen, verstärkten Dach- und B-Säulen sowie Seitenschweller-Profilen ein hohes Schutzpotenzial für die Passagiere.
Zum serienmäßigen Agila-Sicherheitspaket gehören ABS sowie Front- und Seiten-Airbags für Fahrer und Beifahrer. Alle Sitzplätze verfügen über Dreipunkt-Automatikgurte, von denen die vorderen in der Höhe verstellbar und zudem mit pyrotechnischen Gurtstraffern sowie Gurtkraftbegrenzern ausgerüstet sind. Zusätzlichen Schutz bietet das von Opel patentierte Pedal Release System (PRS), das die Gefahr von Fuß- und Unterschenkelverletzungen des Fahrers reduziert. Auf den hinteren äußeren Sitzen kommt optional die Vorrüstung für das Kindersitz-Haltesystem ISOFIX zum Einsatz.