Die Karosserie-Eigenschaften liefern eine solide Grundlage für die Systeme zum Schutz der Insassen im neuen Santa Fe. Hierzu zählen sieben Airbags, darunter ein Knieairbag für den Fahrer. Bei einem Frontalaufprall mindert er das Verletzungsrisiko für Becken und Beine. Bei einer seitlichen Kollision schützen Seitenairbags in den Vordersitzlehnen das Becken und den Torso der Vornsitzenden. Zeitgleich fangen Vorhangairbags, die in Sekundenbruchteilen aus den Längsholmen des Dachs hervorschnellen, jeweils den Kopf und die Schulter der Front- sowie der Passagiere auf den hinteren Außenplätzen auf. Hinzu kommen Dreipunkt-Sicherheitsgurte für alle fünf Sitze, vorne in Kombination mit Gurtkraftbegrenzern und zweistufigen Gurtstraffern und hinten im Zusammenspiel mit Isofix-Kindersitzbefestigungen auf allen drei Sitzplätzen. Eine Premiere bei Hyundai ist der aktive Schutzmechanismus der Motorhaube. Diese bemerkenswerte Sicherheits-Einrichtung senkt das Verletzungsrisiko von Fußgängern, indem es bei einer Kollision die Haube im Bereich der Frontscheibe gezielt anhebt. Hierdurch entsteht ein größerer Deformationsbereich, der entsprechend weicher ausgelegt werden kann, um den Aufprall abzumindern und Unfallfolgen zu reduzieren.

Dass es so weit erst gar nicht kommt, ist die Aufgabe der zahlreichen modernen Fahrerassistenz- und Sicherheitssysteme des neuen Hyundai. Beispielsweise ist je nach Ausstattungslinie ein Spurhaltewarnsystem an Bord. Es erkennt über ein spezielles Vorfeld-Kamerasystem, wenn der Wagen eine der Fahrbahnlängsmarkierungen touchiert oder überquert, ohne dass die Blinkerfunktion eine bewusste Richtungsänderung erkennen lässt. In diesem Fall macht der Spurhalteassistent den Fahrer über einen Warnton auf eine möglicherweise drohende Gefahr aufmerksam.

Zahlreiche andere Systeme des neuen Santa Fe basieren auf der Sensorik des elektronischen Stabilitätsprogramms ESC und des Antiblockiersystems ABS. Hierzu zählen beispielsweise die elektronische Bremskraftverteilung EBV, die Traktionskontrolle TCS, der Berganfahrassistent HAC oder auch der Bergabfahrassistent DBC. Dank DBC hält der Santa Fe auf steilen Gefällstrecken im Gelände ein niedriges Tempo konstant ein. Besonders hohe Bedeutung für die Fahrsicherheit besitzen Systeme wie der Bremsassistent BAC und das fahrdynamische Stabilitätsmanagement VSM. BAC reduziert in einer Gefahrensituation den Anhalteweg auf ein Minimum, indem er den maximalen Bremsdruck aktiviert. VSM wirkt im Zusammenspiel mit ESC über gezielten Bremseingriff an einzelnen Rädern einem Über- oder Untersteuern des Fahrzeugs entgegen und hilft, auf unterschiedlich griffigen Straßenbelägen den Wagen in der Spur zu halten. Für sicheren Zugbetrieb verfügt der Santa Fe zudem über die Anhängerstabilisierung TSA, die gleichfalls über gezielten Bremseingriff am Zugwagen instabile Fahrzustände des Hängers überwindet.