Bestand schon die Karosserie des Vorgängermodells zu einem großen Teil aus hochfestem Stahl, so wurde dieser Anteil bei der völlig neu entwickelten Roh-karosse der zweiten Modellgeneration weiter erhöht. Darüber hinaus beinhaltet sie ringförmige Aussteifungen im Bereich der B- und C-Säulen sowie eine zusätzliche Verstärkung an der Front zwischen der Spritzwand und den Domen der Radaufhängung.

Um einen größeren Schutz bei einem Seitenaufprall zu gewährleisten, wurden die B-Säule und die Seitenschweller durch Profile aus hochfestem Stahl verstärkt. Die Türaufprallträger wurden so verlängert, dass sie die B-Säule überdecken. In die vorderen Türverkleidungen wurden zudem Polyurethan-Matten integriert.

Der Kia Picanto ist serienmäßig mit sechs Airbags ausgestattet: Front- und Seitenairbags für Fahrer und Beifahrer sowie Vorhangairbags, die von vorn nach hinten durchgehen. Ebenfalls Standard sind Gurtstraffer und Gurtkraft-begrenzer an den Vordersitzen. Die Topversion SPIRIT verfügt zudem über einen Knie¬airbag für den Fahrer und über aktive Kopfstützen für Fahrer und Beifahrer, die bei einem Heckaufprall einem Schleudertrauma vorbeugen.

Der Frontairbag am Beifahrersitz ist abschaltbar für den Fall, dass hier ein Baby oder Kleinkind in einem geeigneten Kindersitz transportiert wird. Zur sicheren Beförderung von Kindersitzen befinden sich zudem ISOFIX-Halterungen an den Rücksitzen.

Die zweite Generation des Kia Picanto verfügt über einen verbesserten Fußgängerschutz. Dazu wurden unter anderem ein neuer Querträger unterhalb des vorderen Stoßfängers angebracht, eine Motorhaube entwickelt, die im Bereich vor der Frontscheibe deformierbar ist, und das bisher mittig platzierte Motorhaubenschloss um fünf Zentimeter zur Seite versetzt.