Neu konzipiert wurde auch das Interieur. Während die Funktions- und Bedienungsdetails (z.B. Licht, Klima; Radiosysteme) aus anderen Modellen bekannt sind, wurden viele grundlegende Eos-Elemente neu entwickelt. Zu ihnen zählen das Cockpit, die Tür- und Seitenverkleidungen sowie die Rücksitzanlage und die cabriospezifische Klima­automatik. Erstmals setzt Volkswagen zudem optional elektrisch aktivierte Easy-Entry-Sitze ein: Sie „merken“ sich die Sitzlängsposition des Fahrers und Beifahrers und kehren dorthin – nachdem die Fond-Gäste ein- oder ausgestiegen sind – auf Knopfdruck zurück. Integriert ist in diese elek­trisch einstellbaren 12-Wege-Sitze zudem eine Lordosen­stütze.

Im Falle des geöffneten Daches stehen 205 Liter Kofferraumvolumen zur Verfügung; ist es geschlossen, ergibt sich ein Stauraum von 380 Litern. Serienmäßig schließt sich die Kofferraumklappe auf den letzten Milli­metern über eine elektrische Zuziehhilfe. Zudem gibt es eine in die Rücksitzbank integrierte, abschließbare Durchlade­möglichkeit.