Der neue Skoda Fabia erhält durchweg neue, besonders verbrauchseffiziente Motoren der neuesten Generation. Im Angebot für die EU-Länder sind - einschließlich der GreenLine-Variante - vier Benziner und drei Dieselaggregate. Alle Motoren erfüllen die neue EU-6-Abgasnorm und sind serienmäßig mit Start-Stopp-System und Rekuperation (Bremsenergierückgewinnung) ausgestattet. Gangwechsel erfolgen manuell oder über das automatische DSG-Doppelkupplungsgetriebe.

Die angebotenen Benziner sind neue, auf MQB-Technologie basierende Drei- und Vierzylindermotoren. Die 1,0 MPI-Dreizylinderaggregate sind mit indirekter Einspritzung ausgestattet, die Vierzylindertriebwerke sind aufgeladene TSI mit 1,2 Liter Hubraum. Das Leistungsspektrum startet bei 44 kW (60 PS) und reicht bis zu 81 kW (110 PS).

Als Dieselmotoren stehen für den neuen Skoda Fabia drei Leistungsversionen des neuen, ausschließlich direkteinspritzenden und turboaufgeladenen Common-Rail-Aggregat mit 1,4 Liter Hubraum zur Verfügung. Der Motorblock der Dreizylinderkonstruktion besteht aus Aluminiumlegierung. Das Leistungsspektrum der Selbstzünder reicht wie beim Fabia der zweiten Generation von 55 kW bis 77 kW, wird nun allerdings mit 1,4 Litern statt mit bisher 1,6 Litern Hubraum erreicht.

Sparsamster Skoda Fabia wird der gegen Ende des Jahres 2015 erhältliche Skoda Fabia GreenLine mit der Motorisierung 1,4 TDI/55 kW (75 PS). Dank Start-Stopp, Rekuperation und Rollwiderstands-optimierten Reifen sowie gezielten Anpassungen der aerodynamischen Eigenschaften erreicht der neue Skoda Fabia GreenLine einen Verbrauch von nur 3,1 l/100 km. Das entspricht einer CO2-Emission von nur 82 g/km.